無数のアンノウンが某研究所を攻撃。人々が為すすべもなく殺戮される中、“超能力”を発揮して逃亡する二人の少年少女。少年の名はレイ、少女の名は沙綾香。通報を受けて駆けつけたＧ３-Ｘがアンノウンを迎撃するが、一足遅く施設は灰燼と化した。そして数週間後、警視庁。Ｇ３ユニットに新しいメンバーが加入することが通告される。新たなメンバーの名は深海理沙。果たしてその目的は一体何か？一方、次々に発見される変死体。アンノウンによる新たな“不可能犯罪”であることは間違いない。施設を離れ一人になってレイを捜す沙綾は翔一に助けられ、美杉家に引き取られる。レイは変身の後遺症に見舞われた涼を看病していた。激増するアンノウンを前に、突如Ｇ４システムが出現してアンノウンを撃破し始める。しかし、その結果、大いなる危機が引き起こされた･･･。
仮面ライダー誕生30周年を記念するＴＶシリーズ「仮面ライダーアギト」の劇場版。