「いよいよ待ちに待った人体実験だ」（ドラキューラ博士）
００９たちがドライブ中に助けたのは、刑務所を脱獄した３人のうちのひとりだった。だが、脱獄囚は奇妙な虫に刺されて精神に異常をきたし、情報がとれない。脱獄囚の靴底の土を手がかりに、林の中の屋敷を調査に向かった００９たち。そこで行われていたのは、世界征服を企む科学者による、恐怖の人体実験だった！
サイボーグ００９（モノクロ版）全26話
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(C)石森プロ・東映アニメーション
「次に会うときは、どっちかが死ぬときだ！」（サイボーグＸ）
ギルモア博士のライバル・オメガ博士の作った「サイボーグＸ」が、００９を襲った。００９はＸが乗ったエアカーを追跡、００６たちと挟み撃ちにするが、逆に００３を連れ去られてしまう。その現場に倒れていた少女は、Ｘは自分の婚約者だと打ち明ける。オメガ博士の手によって、Ｘは人間兵器と化していたのだ…。
ギルモア博士のライバル・オメガ博士の作った「サイボーグＸ」が、００９を襲った。００９はＸが乗ったエアカーを追跡、００６たちと挟み撃ちにするが、逆に００３を連れ去られてしまう。その現場に倒れていた少女は、Ｘは自分の婚約者だと打ち明ける。オメガ博士の手によって、Ｘは人間兵器と化していたのだ…。
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「車がおかしくなるのと同時に、ぼくの体もおかしくなった…」（００９）
コズミ博士が発明したマッド・マシーンが盗まれ、博士の娘も誘拐されてしまった。００９と００７は南極の敵基地へ潜入。しかし、マッド・マシーンの電磁波を浴びれば、００９といえども動きがとれなくなってしまう。一大危機の到来に、世界各国からサイボーグ戦士が南極に集結、ブラック・クロス軍団との決戦が始まる。
コズミ博士が発明したマッド・マシーンが盗まれ、博士の娘も誘拐されてしまった。００９と００７は南極の敵基地へ潜入。しかし、マッド・マシーンの電磁波を浴びれば、００９といえども動きがとれなくなってしまう。一大危機の到来に、世界各国からサイボーグ戦士が南極に集結、ブラック・クロス軍団との決戦が始まる。
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「われわれ宇宙魔人に対しては、どのような抵抗もむだである」（宇宙魔人）
著名な科学者が乗ったマンモス原子力客船やジェット旅客機が、宇宙魔人の巨大円盤に襲われ、行方不明になった。円盤は東京タワーをも破壊し、立花博士の誘拐を予告して去ってゆく。その夜、博士邸を襲った円盤に、防衛隊も歯がたたない。博士になりすましていた００９は、宇宙魔人の一人を捕獲するが…。
著名な科学者が乗ったマンモス原子力客船やジェット旅客機が、宇宙魔人の巨大円盤に襲われ、行方不明になった。円盤は東京タワーをも破壊し、立花博士の誘拐を予告して去ってゆく。その夜、博士邸を襲った円盤に、防衛隊も歯がたたない。博士になりすましていた００９は、宇宙魔人の一人を捕獲するが…。
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「子犬ってかわいいなあ」（００７）
公園で人気の学者犬夫婦は、犬塚博士によって脳改造され、知能を高められた犬だった。それに目をつけた悪人が博士と二匹を誘拐し、学者犬を戦闘サイボーグ犬に改造させようとする。二匹の子犬であるクビクロは００９たちに保護されるが、両親を求めて飛び出し、行方不明になってしまう。そして二ヶ月後…。
公園で人気の学者犬夫婦は、犬塚博士によって脳改造され、知能を高められた犬だった。それに目をつけた悪人が博士と二匹を誘拐し、学者犬を戦闘サイボーグ犬に改造させようとする。二匹の子犬であるクビクロは００９たちに保護されるが、両親を求めて飛び出し、行方不明になってしまう。そして二ヶ月後…。
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「建国記念日に王を暗殺する計画が立てられている…」（ヨゼフ教授）
ヨゼフ教授が、ガラリヤ国王暗殺計画の阻止をギルモア博士に要請。だが、教授は暗殺されてしまった。００９たちは、００３のバレエ団スタッフとしてガラリヤに入国。００７の活躍で、暗殺の首謀者は親衛隊隊長と判明する。バイオリン奏者に化けたスナイパーに国王を狙わせ、罪をバレエ団に着せる計画だったのだ！
ヨゼフ教授が、ガラリヤ国王暗殺計画の阻止をギルモア博士に要請。だが、教授は暗殺されてしまった。００９たちは、００３のバレエ団スタッフとしてガラリヤに入国。００７の活躍で、暗殺の首謀者は親衛隊隊長と判明する。バイオリン奏者に化けたスナイパーに国王を狙わせ、罪をバレエ団に着せる計画だったのだ！
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「ひどいわ、子供をそんなことに使ったりして！」（００３）
放電能力を持つ子供サイボーグが、原子力センターの見取り図を強奪しようとして失敗、爆発するという事件が起きた。その頃センターでは、ギルモア博士が関わった超小型エンジンの開発が、完成間近まで進んでいた。だが、職員の子供たちを乗せたバスが海底トンネル内で消失、調査に向かった００９たちを大爆発が襲う。
放電能力を持つ子供サイボーグが、原子力センターの見取り図を強奪しようとして失敗、爆発するという事件が起きた。その頃センターでは、ギルモア博士が関わった超小型エンジンの開発が、完成間近まで進んでいた。だが、職員の子供たちを乗せたバスが海底トンネル内で消失、調査に向かった００９たちを大爆発が襲う。
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「宇宙のどこかから、この地球に派遣された、敵の手先に違いあるまい」（ギルモア博士）
００９たちは嵐の山小屋で、金色の瞳の少女・リタを救う。翌日から、ダムや国際空港などが次々に爆破され始める。００９たちは怪しいオープンカーの男たちを追跡するが、取り逃がしてしまう。ギルモア博士は爆弾の成分を分析し、敵は宇宙人だと断定。００９はアメリカに連絡を取り、００２を応援に呼び寄せる。
００９たちは嵐の山小屋で、金色の瞳の少女・リタを救う。翌日から、ダムや国際空港などが次々に爆破され始める。００９たちは怪しいオープンカーの男たちを追跡するが、取り逃がしてしまう。ギルモア博士は爆弾の成分を分析し、敵は宇宙人だと断定。００９はアメリカに連絡を取り、００２を応援に呼び寄せる。
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「不思議だな、あんな図体のやつが、そう簡単に逃げられるわけがないんだが…」（００９）
人間の顔にゴリラのような牙と体を持つ怪物が、夜の街を暴れまわった。少女に変身して囮となった００７を襲った怪物は、００９たちに追われ、ある博士の研究室に逃げ込み、そこで忽然と消え失せてしまう。００９は博士が怪物を隠していると追求するが、事件には驚くべき真相が隠されていた。
人間の顔にゴリラのような牙と体を持つ怪物が、夜の街を暴れまわった。少女に変身して囮となった００７を襲った怪物は、００９たちに追われ、ある博士の研究室に逃げ込み、そこで忽然と消え失せてしまう。００９は博士が怪物を隠していると追求するが、事件には驚くべき真相が隠されていた。
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「古代インカ帝国の宝…、娘に知らせて…」（老探検家）
アメリカの荒野で山賊に襲われた瀕死の老探検家から、古代インカ帝国の宝の地図を託された００５。探検家の娘キャサリンに会って地図を渡すが、彼女は山賊にさらわれてしまう。００５はギルモア研究所に救援を要請、００９たちと共に、インカの宝が眠るという地底黄金宮殿へキャサリンの救出に向かう。
アメリカの荒野で山賊に襲われた瀕死の老探検家から、古代インカ帝国の宝の地図を託された００５。探検家の娘キャサリンに会って地図を渡すが、彼女は山賊にさらわれてしまう。００５はギルモア研究所に救援を要請、００９たちと共に、インカの宝が眠るという地底黄金宮殿へキャサリンの救出に向かう。
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