第2部に入った前回の「SMOKING GUN～決定的証拠～」では、改めて仲間や自分たちのやる仕事について思いを深めて回だったが、いよいよ今回からは本格的な謎解きに入る！第4話では真紀（鈴木保奈美）が銃撃されたが、今夜14日（水）放送の第6話では、縁（香取慎吾・SMAP）が刃物で刺される！番組公式サイトで予告動画が視聴できる。

真紀を撃った拳銃がエミリを銃撃したものと同じだと分かり、小宮山祥子（安藤玉恵）と松井丈太朗（中山優馬）は千代田科捜研を辞めようとしたが、道で困っている人に遭遇し、あらためて困っている人たちを助ける自分たちの仕事に誇りを持つという展開だった。しかし、最後に、真紀が調べていたエミリの証拠品に新たな謎が登場した。“聖域”…“神”の文字が意味するのは？

■第6話
流田縁（香取慎吾）は、報酬とは別に生前の永友エミリ（倉科カナ）の秘密を教えると言う田中花子（片瀬那奈）の依頼を受ける。だが、所長の千代田真紀（鈴木保奈美）は未だに入院中だ。
花子は、勤めていた『きぼう信用金庫』で発生した横領事件の犯人とされたが冤罪だと縁たちに訴える。犯人は顧客情報を管理する部屋に、花子のIDカードで侵入、1200万円を横領。防犯カメラにも花子らしき人物が写っていたため犯人と特定されたのだ。花子は事件前日にIDカードをなくし、紛失届を提出しているが、信じてもらえず、弁護士にも認めた方が罪を軽く出来ると促されて従ってしまったのだ。
縁たちは、防犯カメラに写った映像から、犯人と花子の歩き方に違いも認める。一方、石巻桜子（西内まりや）とコンビで出かけた松井丈太朗（中山優馬）は、花子が気にかかる。桜子には恋でもしたのだろうとからかうわれるが、どうやら松井は何かがひっかかっている様子。
そんな頃、柏木夏生刑事（谷原章介）は、エミリの遺体が発見された山梨に向かう。山梨は真紀の妹、つまり、くるみの母親が住んでいた場所だとわかったのだ。
花子の横領事件を調べる縁は、かつての同僚や、当時、責任を取って辞めた支店長・蔵森哲郎（井田國彦）をの映像を集め、鑑定を進めていく。

「SMOKING GUN～決定的証拠～」はフジテレビで毎週水曜日夜10時から放送。第6話は14日（水）夜10時から放送。予告動画は番組サイト「ストーリー」で視聴できる。