ゼーガペイン全26話
県立舞浜南高校で高校生活を楽しむキョウは、幼馴染のリョーコの頼みで自主映画へ出演する事になった。撮影中、プールの飛び込み台に立つ謎の美少女シズノを目撃したキョウは、「水泳部への入部希望者だ！」と考えてシズノを勧誘しようとする。だが、プールへと飛び込み、シズノはそのまま姿を消してしまう。
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(C)サンライズ・プロジェクトゼーガ・テレビ東京
校内でシズノを捜し回るキョウ。だが、どこにも見つからず、彼女の存在を否定する友人達の態度にキョウは違和感を感じ始めていた。そのもやもやを吹っ切るようにプールに飛び込み、泳ぎ続けるキョウ。「前に、前に進みてーんだよ、オレは！」その叫びに呼応するように、キョウの額にセレブアイコンが出現して…。
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放課後、視聴覚室で水泳部のPRビデオが上映された。PRビデオに映った水着姿のシズノを見て喜ぶ男子生徒達。その反応に満足し水泳部員の勧誘を始めるキョウだったが、誰にも相手にされない。再度、水泳部存続のための厳しい条件を言い渡す生徒会長のシマに対して、キョウは「あの事バラしていいのか？」と迫るが…。
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キョウは高校のプールで、ゼーガペイン・アルティールを降りた際に自分の手首が消えた理由を考えていた。そして「ゼーガペインの戦闘はリアルなヴァーチャルゲーム」と結論づける。一方、オケアノスで故郷の上海付近を飛行中のメイウー＆メイイェン姉妹は、上海サーバーからのデーターのサルベージをシマに直訴し許される。
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シズノが言い残した「これが、現実」という言葉が頭から離れないキョウ。だが、ゼーガペインでの戦闘を現実だとは思えないキョウは、舞浜市での生活の方が本物だと自分に言い聞かせる。折しも、ミズサワのカウンセリングも受けたキョウは、「どちらかが現実なら、もう一方は必ず虚構なの」という彼女の言葉が耳に残る。
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舞浜で対峙するゼーガペイン・アルティールとコブラル。ゼーガペイン・ガルダも合流して戦闘が始まるが、ガルズオルムの目的は光装甲技術のデータを奪う事だった。それを悟ったルーシェンは大破したガルダを自爆。第二のコブラルの参戦によって苦戦していたアルティールは、コブラルと相討ちとなる。その次の瞬間…。
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今まで現実だと信じてきた舞浜がサーバー内の仮想空間だと思い知らされるキョウ。その現実に苦しみ悩みながらもキョウは学校生活を続ける。一方、キョウとシズノの関係を勘ぐったリョーコは、その事をシズノに尋ねる。彼女から「彼を元気づけてあげて」と頼まれたリョーコは、翌日にキョウを水族館でのデートに誘い…。
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キョウに現実を受け止めさせるため、メイウーとペアを組ませてゼーガペイン・アルティールで現実世界の舞浜サーバーへと向かわせるシマ。廃墟でキョウが目撃したのは、小さなメモリーユニット。それが自分達の舞浜サーバーだと知らされたキョウは激しく動揺し、メイウーを残してサーバー内の仮想世界へ戻ってしまう。
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オケアノスでは、大規模な作戦を決行するか否かの議論が交わされていた。キョウが「フィジカルデーターは前バージョンと同等にまで回復していて、身体的には優秀なガンナー」である事を知り、作戦敢行を決意するシマ。作戦参加を快諾したキョウは、交換条件として、水泳部廃部の1ヶ月間延期をシマに願い出るが…。
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夏休み前、リョーコは映研部屋で「世界の終わりの夏の一日」と題した先輩・河能亨の自主映画を見つけた。その河能のことが気になり、シズノに尋ねるリョーコ。だが、シズノは多くを語ろうとしなかった。そんなシズノの反応に違和感を覚えたキョウに、シマたちは「河能は戦死したセレブラント」であると告げる。
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